今年6月にマイホームを購入し直ちに居住用として使用したのですが、その後勤務先から2年間の転勤命令があり同年10月に転居することになってしまいました。
2年後住宅に再居住した際には、住宅ローン控除の再適用は受けられるでしょうか？

住宅ローン控除の再適用というのは、「住宅ローン控除の適用を受けていた居住者」のみが受けられることになっています。

ご質問の場合は、住宅を取得して居住用に使用した日の属する年中に、転居し居住用に使用しなくなるということですので、その年の12月31日まで引き続き居住用に使用していません。

よって、住宅を取得した本年に住宅ローン控除を受けることはできません。

これにより、勤務先からの転勤命令に伴って転居した場合であっても、「住宅ローン控除の適用を受けていた居住者」には該当しませんので、2年後に住宅に再居住したとしても、住宅ローン控除の再適用は受けられないということになります。